은혜학교는 학생들의 장애 증상이 세분화 되고, 중증·중복 되어가는 현실을 반영해 장애 학생의 다양한 교육욕구를 충족하기 위한 교육활동 프로그램을 자체 개발해 운영해 왔다.
주요 교육과정을 살펴보면 우선 건강한 사람을 기르기 위한 '워킹 앤 런', 직업인으로서 성장을 도모하는 '직업수업', 자기주도적 학습능력 신장을 위한 '도서관 활용수업' 등이 있다. 특히 '체험활동교육'의 경우 장애학생에게 '나도 할 수 있다'는 자신감을 길러주는 데 주안점을 맞추고 진행, 학생과 학부모로부터 큰 호응을 얻어 왔다.