이러한 대장 질환을 가장 정확하게 진단할 수 있는 검사는 바로 대장내시경검사로 내시경을 통하여 항문과 직장(곧은 창자) 및 대장(큰 창자)의 내부를 관찰하는 검사이다. 대장 용종(선종)을 내시경으로 제거하면 대장암 발생 위험도를 낮출 수 있다는 연구 결과에 근거해 대장암의 위험요소가 전혀 없는 사람이라도 50세부터는 모든 국민이 대장내시경검사를 받도록 권하고 있다. 그 외에도 ▷대장암의 선별 검사 ▷혈변 배설 ▷배변습관의 변화(기존의 배변과는 양상이 달라졌을 때) ▷빈혈 ▷만성 복통 혹은 만성 설사 ▷다른 검사에서 발견된 이상소견의 확인 등의 증상이나 이유가 있으면 대장내시경 검사가 필요하다.
정확한 대장내시경검사를 위해서는 대장을 깨끗이 비워야 하므로 장정결액을 정확하게 복용해야 한다. 물론 검사전 4ℓ 이상의 장정결액을 복용해야 하는 등 다소 불편한 점이 있기는 하지만, 2ℓ의 약제 복용 등 개선방향이 제시되고 있으며 점차 일반화되고 있다.
대장내시경 검사 중 이상 소견이 있는 경우에는 자세히 관찰하기 위해서 색소를 뿌리기도 하고 조직검사를 시행하기도 한다. 무엇보다도 대장내시경 검사의 가장 큰 장점은 진단과 동시에 바로 치료를 시행할 수 있다는 것으로, 용종이 발견되면 대부분의 경우 즉시 내시경을 통하여 절제할 수 있다. 만약 내시경 치료에 영향을 줄 수 있는 질환이 있거나, 약물을 복용하는 경우에는 의사와 상의해 검사의 시술 여부를 결정하는 것이 좋다.
대장내시경 검사를 할 때에는 공기를 넣으면서 장을 확장시켜 관찰을 하게 되므로 시술 도중 혹은 시술 후에 일시적인 복부 팽만이 초래돼 통증을 느낄 수 있다. 하지만, 대체로 시술 후 안정을 취하면서 배를 따뜻하게 해 주고 가스를 배출하면 편해진다. 조직검사를 한 경우에는 대변에 피가 조금 섞여 나올 수도 있지만 보통은 곧 멈추게 된다. 만약 지속적으로 피가 나오는 경우에는 병원에서 조치를 받아야 한다. 검사 당일은 운전을 하거나 기계를 다루거나 중요한 결정을 내리는 일은 삼가야 한다. 가능하다면 하루 정도는 휴식을 취하는 것이 바람직하다.
대장내시경검사에 따른 합병증이 매우 드물게(1천명 당 1 명 이하) 발생할 수 있다. 합병증에는 투약에 따른 합병증, 출혈, 대장의 천공(구멍), 감염, 호흡장애, 혈압의 급격한 변화 등이 있는데 드물지만 합병증이 발생하면 응급 처치를 요하며, 때로는 긴급 수술이 필요하므로 심한 통증, 출혈, 구토, 고열 등이 있을 때에는 지체 없이 병원에서 조치를 받아야 한다.
대장내시경 검사는 안전하고 정확한 검사로서 다양한 대장 질환의 진단과 치료에 필수적일 뿐만 아니라 대장내시경검사를 통해 대장암의 예방이 가능하다. 따라서 대장건강을 유지하기 위해서는 주기적인 검사가 필수적이다.